Bayat, tarihi M.Ö. 1. yüzyıla dayanan bir yerleşim birimidir.Şehrin kuzeydoğusunda ki kaya mezarlarının yakın roma döneminden kaldığı sanılmakla birlikte ilçe sınırları içerisinde bir çok yerde yakın roma medeniyetine ait para heykel ve mezarlara rastlanılmaktadır.Son yapılan derekutuğun köyü kazılarında hitit döneminden daha eskiye rastlayan bakır ocağı galerileri bulunmuştur.yapılan arkeolijik araştırmalar ışşığında bilinen tarihinin M.Ö 4000 li yıllar olduğu söylenebilir. Bayat merkez yerleşkesi Köken olarak Oğuzların Bayat boyundan gelenlerce kurulup geliştilen bir yerleşim alanıdır. 1300 yıllarda Anadolu'ya giren giren ilk Türklerden olan Bayat boyu kuzey ırak hattından antep ve sivas üzerinden gelerek bozok yaylasına yerleşip 1500'lü yıllarda bu gün ki Bayat çayının açtığı geniş vadiye yerleşmilerdir 1956 yılına kadar iskilipe bağlı bir köy iken 1956'da belediye olmuş 1 nisan 1958 yılında da bakanlar kurulu kararı ile ilçe yapılıp merkez ilçe Çorum'a bağlanmıştır. 1956 da belediye olduğunda ismi Alagöz olarak değiştirilmiş ilçe olduktan sonra Alagöz ismi tekrar Bayat olarak değiştirilmiştir. 1967 yılında Bayat çayına yapılan köprü ile ilçeye Yatukcu köyü bağlanmıştır.

2006 yılında Akseki ve Pancarlık köylerinde yapılan refarandum ile bu köylerde merkez mahalle statüsü kazanarak bu gün ki Bayatı oluşturmuşlardır.